Portus Farelcollege heeft drie afdelingen: lyceum, mavo en vmbo. 
De dagelijkse leiding van de afdelingen ligt in handen van de rector en afdelingsleider van de betreffende afdeling.

Algemene directie

Corine Sluimers (rector a.i.)
Remzi Boersma (afdelingsleider bedrijfsvoering)

Afdelingen

Steven van den Dool (waarnemend afdelingsleider onderbouw MHV)
Rachel van Emmerik (afdelingsleider havo bovenbouw)
Raymond de Kreek (waarnemend afdelingsleider atheneum bovenbouw)
Peter Lingmont (afdelingsleider mavo klas 3 en 4)
Gerard Molenaar (afdelingsleider vmbo onderbouw)
Arthur Ruinard (afdelingsleider vmbo bovenbouw)

Algemene directie scholengroep

Portus Farelcollege maakt deel uit van Portus scholengroep, onderdeel van CVO Rotterdam.

Ronilla Snellen (algemeen directeur)
Leo van 't Spijker (lid algemene directie)

Bestuur

Portus scholengroep maakt deel uit van CVO Rotterdam. Deze vereniging omvat zeven scholengroepen voor voortgezet onderwijs, variërend van praktijkonderwijs tot categoraal gymnasium. De meeste CVO-scholen zijn brede scholengemeenschappen. Ze verzorgen op 40 locaties onderwijs voor zo’n 20.000 leerlingen.

Voorzitter raad van bestuur: dhr. drs. ir. M.A. Mittelmeijer RI
Lid raad van bestuur: dhr. mr. drs. A. Bestebreur MPA