Portus Farelcollege heeft drie afdelingen: lyceum, mavo en vmbo. 
De dagelijkse leiding van de afdelingen ligt in handen van de rector en afdelingsleider van de betreffende afdeling.

Lyceum

Rachel van Emmerik (afdelingsleider havo bovenbouw)
Corine Sluimers (afdelingsleider atheneum bovenbouw en onderbouw MHV)

Mavo

Peter Lingmont (afdelingsleider klas 2 , 3  en 4)

Vmbo

Annette de Kluijver (afdelingsleider onderbouw)
Arthur Ruinard (afdelingsleider bovenbouw)

Algemene directie

Onno Arts (rector)
Remzi Boersma (afdelingsleider bedrijfsvoering)

Algemene directie scholengroep

Portus Farelcollege maakt deel uit van Portus scholengroep, onderdeel van CVO Rotterdam.

Ronilla Snellen (algemeen directeur)
Miranda Buitelaar (lid algemene directie)
Leo van 't Spijker (lid algemene directie)

Bestuur

Portus scholengroep maakt deel uit van het CVO Rotterdam. Deze vereniging omvat zeven scholengroepen voor voortgezet onderwijs, variërend van praktijkonderwijs tot categoraal gymnasium. De meeste CVO-scholen zijn brede scholengemeenschappen. Ze verzorgen op 40 locaties onderwijs voor zo’n 20.000 leerlingen.

Voorzitter raad van bestuur: dhr. drs. ir. M.A. Mittelmeijer RI
Lid raad van bestuur: dhr. mr. drs. A. Bestebreur MPA