Portus Farelcollege heeft drie afdelingen: lyceum, mavo en vmbo. 
De dagelijkse leiding van de afdelingen ligt in handen van de rector en afdelingsleider van de betreffende afdeling.

Lyceum

afdelingsleider atheneum/havo klas 1 & 2, mavo klas 1: dhr. C.J. Barto
afdelingsleider havo bovenbouw: mw. R.A.M. van Emmerik
afdelingsleider atheneum bovenbouw: mw. H.C. Sluimers

Mavo

afdelingsleider klas 2 , 3  en 4: dhr. P. Lingmont

Vmbo

afdelingsleider onderbouw: mw. A. de Kluijver
afdelingsleider bovenbouw: dhr. A.S. Ruinard

Algemene directie

rector: drs. L.J. Arts|
afdelingsleider bedrijfsvoering: dhr. R. Boersma

Algemene directie scholengroep

Portus Farelcollege maakt deel uit van Portus scholengroep, onderdeel van CVO Rotterdam.

Ronilla Snellen, algemeen directeur
Miranda Buitelaar, lid algemene directie
Leo van 't Spijker, lid algemene directie

Bestuur

Portus scholengroep maakt deel uit van het CVO Rotterdam. Deze vereniging omvat zeven scholengroepen voor voortgezet onderwijs, variërend van praktijkonderwijs tot categoraal gymnasium. De meeste CVO-scholen zijn brede scholengemeenschappen. Ze verzorgen op 40 locaties onderwijs voor zo’n 20.000 leerlingen.

Voorzitter raad van bestuur: dhr. drs. ir. M.A. Mittelmeijer RI
Lid raad van bestuur: dhr. mr. drs. A. Bestebreur MPA